软件著作权保护的是由开发者独立开发,并已固定在某种有形物体上的软件作品,不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或者数学概念等;商业秘密的保护则较为宽泛,不论是具有外在表现形式的物质载体,还是企业的经营理念或是技术代码,企业均可以通过商业秘密来加以保护。相比起来,商业秘密对于技术信息的保护就比著作权更加全面。若仅以著作权对计算机软件进行保护,很容易被他人钻了空子,盗走了技术信息的实质内容还无法进行维权。对于计算机软件,企业可以通过著作权和商业秘密相结合的方式加以保护。
商业秘密与软件著作权保护两种方式的结合指针对开发软件采取知识产权立体保护的模式加以保护的方式。对软件核心算法等部分采取商业秘密的方式加强保护,针对软件的通用或易于反向的部分通过软件著作权登记的形式加之固定。这样,既可以保护了软件的表达方式,亦可通过商业秘密的形式加大保护软件的算法、思路等。