（一）反编译得到的源代码比对
在对软件目标代码同一性鉴定中，常常需要对目标代码进行反编译获得反编译后的代码进行比对，如C、C++语言反编译得到汇编代码进行比，JAVA程序反编译、C#程序反编译等。这类鉴定问题虽然是针对目标代码进行，但实际上仍采用源代码的比对方式。其中，需要特别注意的是，对比对双方进行反编译时，反编译的相关工具使用、条件设置须保持一致，为不同的反编译工具，或者相同反编译工具的不同环境设置，都会导致．编译结果的较大差异，导致比对结果上差异。同时，也要注意反被编译得到的源代码中的一些非功能性内容，如代码的注释。以上所说的反编译与《最高人民法院关于审理不正当竞争民事案件应用法律若干问题的解释》中的反向工程不完全相同。反向工程在该司法解释中被定义：通过技术手段对从公开渠道取得的产品进行拆卸、测绘、分析等而获得该产品的有关技术信息。而代码反编译，由于有反编译工具，使反编译极其简单，基本不需要进行“分析”，即可获得反编译代码。举例来说，针对百万行数量级的JAVA或C#代码，反编译时间仅以秒为单位，且反编译得到的代码与原始源代码差别非常小。
(二）跨语言的源代码比对
由于《计算机软件保护条例》第七条规定：“本条例对软件著作权的保护不延及开发软件所用的思想、处理过程、操作方法或看致字概念等。”因以往针对不同语言设计、编写的源代码，鉴定机构在多数情况下不予比对。但是，随着计算机编程语言的丰富，出现了源代码的跨语言的自动修改技术和工具，使侵权人在不需要付出一定劳动的情况下，就能够快速地将一种计算机语言的源代码转换成另一种语言，软件侵权也变得更加隐蔽。在这种情况下，采用适当的鉴定技术，是可以进行跨语言的源代码比对的。因此，要求计算机软件的司法鉴定要与时俱进，适应新技术的发展需求，更加谨慎细致地对待跨语言的软件知识产权司法鉴定问题，
随着人们知识产权保护意识的增强，软件知识产权纠纷显著增加。依托领域内技术专家的知识经验进行的知识产权司法鉴定，成为纠纷解决的主要依据之一。
