(一)第三方软件直接修改行为的责任承担
第三方软件在网络平台发布并提供其他用户下载的直接修改行为侵犯了软件著作权人的修改权。修改权是软件著作权人一项重要的精神权利，其他组织或个人未经许可不得擅自修改软件的程序。第三方软件的直接修改行为侵犯软件著作权人的复制权。通过直接修改行为将修改程序直接注入软件主程序，修改主程序的数据和代码来实现各种特定功能，其行为本质是对主程序软件的复制，复制权是著作权的核心权利，也是软件著作权人重要的经济权利。第三方软件的直接修改行为侵犯软件著作权人的信息网络传播权。第三方软件为主程序软件源代码修改而成的软件，将此软件上传到网络供他人下载，侵犯了主程序软件著作权人的信息网络传播权。
根据我国《计算机软件保护条例》第24条规定，未经软件著作权人许可，故意避开或者破坏著作权人为保护其软件著作权而采取的技术措施的，故意删除或者改变软件权利管理电子信息的，应当根据情况，承担停止侵害、消除影响、赔礼道歉、赔偿损失等民事责任；同时损害社会公共利益的，由著作权行政管理部门责令停止侵权行为，没收违法所得，没收、销毁侵权复制品，可以并处罚款；情节严重的，著作权行政管理部门可以没收主要用于制作侵权复制品的材料、工具、设备等；触犯刑律的，依照刑法关于侵犯著作权罪、销售侵权复制品罪的规定，依法追究刑事责任。
(二)第三方软件拦截行为的责任承担
第三方软件拦截行为无论是系统拦截还是封包拦截均没有直接修改和复制主程序软件的源代码与目标程序代码，第三方软件拦截和改变的是服务器与客户端网络传输之间封包的数据。因此，司法实务判例中出现了将直接修改型的“珊瑚虫版”QQ软件的编制和发行认定为侵犯著作权罪，而将封包拦截行为的网络游戏外挂的编制和发行认定为非法经营罪。
但是，根据我国《计算机软件保护条例》第3条第(1)项规定，计算机程序是指为了得到某种结果而可以由计算机等具有信息处理能力的装置执行的代码化指令序列，或者可以被自动转换成代码化指令序列的符号化指令序列或者符号化语句序列。同一计算机程序的源程序和目标程序为同一作品。第三方软件程序所附带的各种数据都应该认为是计算机程序，法律适用上应当对技术用语范围采用法理扩大解释的方法，认定两种软件拦截行为均为侵犯软件著作权的行为，均应承担侵犯软件著作权的责任。
“3Q之战”凸显了我国软件法律保护的滞后性，让网络企业在“蛮荒时代”进行无序的竞争，难免会殃及池鱼。软件保护的对象不仅是软件程序，而应是软件所能触及的全部内容，这不仅需要互联网行业建立自律规则，更需要完善法律对互联网竞争行为的规范。
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